Şam'da 5. Ordu'nun emrinde kaldığı üç yıl içinde Suriye'nin hemen her yerini görevle dolaşmış, memleket idaresindeki aksaklıkları, ordunun eğitim ve öğretimindeki eksiklikleri daha da yakından görmüştü. Mustafa Kemal, burada 1906 yılı Ekim ayı içinde güvendiği bazı arkadaşlarıyla gizli olarak "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti"ni kurdu. Bu arkadaşlarıyla beraber Beyrut, Yafa ve Kudüs'te de kurdukları cemiyeti genişletti. Bir ara gizli olarak Mısır ve Yunanistan yoluyla Selânik'e geçerek burada da "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti"nin bir şubesini açtı ve tekrar Şam'a döndü. Şam'dan ayrılması hükûmetçe duyuldu ise de âmirleri kendisini koruduğundan bir ceza yoluna gidilmedi. Bir süre daha Şam'da kaldı. Bu sıralarda 20 Haziran 1907 tarihinde Kolağası (kıdemli yüzbaşı) oldu ve Şam'daki Ordunun Kurmay Başkanlı'ğında bir göreve getirildi.

Mustafa Kemal, 13 Ekim 1907'de merkezi Manastır'da bulunan 3. Ordu Karargâhına atandı. Bu Karargâhın Selânik'teki şubesinde çalışmak üzere Selânik'e geldi. Bu sıralarda Selânik'teki "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti" üyelerini de içine almış olan ittihat ve Terakki Cemiyeti" faaliyet halinde idi. Mustafa Kemal de Selânik'e gelişini takiben bu cemiyete dahil olarak hizmet görmeye başladı. Memleketin istibdat idaresinden kurtarılması, yapılacak yenilikler onun da temel düşüncesiydi. Selânik'e gelişini takiben kısa bir süre sonra 22 Haziran 1908 de Üsküp-Selânik arasındaki demiryolu müfettişliği de 3. Ordu Karargâhındaki görevine ek olarak kendisine verildi. Bu esnada Rumeli'de büyük faaliyet gösteren "İttihat ve Terakki Cemiyeti" Abdülhamit'i, 1876 Anayasasını yeniden yürürlüğe koymaya ve kapatılan Meclis-i Mebusan'ı tekrar toplantıya çağırmaya zorlamaktadır. "Ittihat ve Terakki Cemiyeti nin bu girişimleri adım adım II. Meşrutiyetin ilânına uzandı.

23 Temmuz 1908 tarihinde İkinci Meşrutiyet ilân edildiği zaman Mustafa Kemal, Kolağası rütbesiyle Selânik'te askerî görevini sürdürmekte, bir yandan da "İttihat ve Terakki Cemiyeti" içinde çalışarak İstanbul'daki siyasi gelişmeleri yakından izlemektedir. O, II. Meşrutiyet gibi büyük bir inkılâbı takiben yapılanları kâfi görmüyor; bu fırsattan yararlanılarak memlekette daha büyük ve daha köklü değişikliklerin gerçekleştirilmesi gereğine inanıyordu. Fakat kendisinin görüşleri "İttihat ve Terakki Cemiyeti ileri gelenlerinin görüş ve düşüncelerine uymadı. Buna rağmen fikirleriyle zamanın söz sahibi kişilerini uyarmaktan da çekinmiyordu.

II. Meşrutiyet'in ilânı üzerinden henüz bir sene geçmemişti ki İstanbul'da 13 Nisan 1909'da bu harekete karşı, gerici çevrelerce desteklenen büyük bir isyan gelişti. Mustafa Kemal, 31 Mart Vak'ası olarak bilinen bu isyanı bastırmak üzere Rumeli de oluşturulan Hareket Ordusu'nun Kurmay Başkanlığı'na getirildi ve bu ordu ile 19 Nisan 1909 tarihinde İstanbul'a geldi. Hareket Ordusu'nun gerek yolda gerekse İstanbul'daki sevk ve idaresinde Kurmay Başkanı olarak önemli hizmetler gördü. Hareket Ordusu'nun İstânbul'a girdiği gün halka hitaben yayımlanan beyannameyi kendisi yazmıştı. Hareket Ordusu'nun duruma hakim oluşundan sonra Abdülhamit tahttan indirildi, yerine Sultan Reşat getirildi. Mustafa Kemal, bu gerici olayın bastırılmasından sonra İstanbul'da çok kalmayarak 16 Mayıs 1909'da tekrar Selânik'e döndü. Bu sıralarda Selânik ve çevresinde yapılan mânevralarda, tatbikatlarda düşünce ve görüşlerini cesaretle savunuyor; bu ise bazı üstlerinin dikkatini çekerken bazılarının da tahammülsüzlüğüne sebep oluyordu. Kendisi, bir yandan da askerî eğitim konuları üzerinde telif ve tercüme eserler hazırlıyordu.

O, II. Meşrutiyet'i takiben Ordu'nun "İttihat ve Terakki Cemiyeti" ile sıkı alâkasının ve siyasete karışmasının tehlikelerini sezinlemeye başlamış, bu görüşlerini 22 Eylül 1909'da Selânik'te toplanan "İttihat ve Terakki Bûyük Kongresi"nde açıkça dile getirmişti. Fâkat Cemiyetin önde gelenleri onun bu görüşlerini paylaşmadılar. Mustafa Kemal de kendisini Cemiyetten uzak tutarak doğrudan doğruya askeri vazifesine verdi. "İttihat ve Terakki Cemiyeti" ile anlaşmazlığı ve aralarının açılması böyle başladı.

Mustafa Kemal, Selânik'teki görevini başarı ile yürütürken 1910 yılı Eylül ayında askeri manevraları izleme amacıyla Fransa'ya gönderildi. Burada Fransız Ordusunu ve komutanlarını yakından tanıdı. Selânik'e dönüşünden kısa süre sonra 1911 Mart'ında Arnavutluk'ta bir isyan çıktı. Bu isyanı bastırmak üzere düzenlenen harekâtta Harbiye Nazırı Mahmut Şevket Paşa'nın yanında görev aldı.

Mustafa Kemal, 15 Ocak 1911'de 3. Ordu Karargâhındaki görevinden alınarak evvelâ 5. Kolordu Karargâhında, daha sonra yine Selânik'te bulunan 38. Piyade Alayı'nda görevlendirildi. Bu atamadan amaç, kendisine kıta hizmeti gördürerek onu başarısızlığa sürüklemek; bu suretle şevk ve hevesini bir ölçüde kırmak idi. Ama O, bu görevde de büyük başarılar gösterdi; eskiden olduğu gibi yine kumandanlarının, arkadaşlarının sevgi ve saygısını kazandı. Selânik garnizonundaki subaylar gittikçe onun etrafında toplanıyorlardı. Bu durum 3. Ordu Müfettişliğinin hoşuna gitmedi. O'nu Selânik'teki vazifesinden ayırarak 27 Eylül 1911 tarihinde İstanbul'da Genelkurmay Başkanlığında bir göreve tayin ettiler. Mustafa Kemal bu atama üzerine İstanbul'a gelerek bir süre Genelkurmay Başkanlığı'nda çalıştı.

5 Ekim 1911'de İtalyanlar Trablusgarp'a hücum ederek istilâ hareketlerine başlamışlardı. Mustafa Kemal, bu bölgede görev almak üzere 15 Ekim 1911'de İstanbul'dan ayrıldı. Trablusgarp'a gelişini takiben bir süre Tobruk ve Derne Bölgelerinde gönüllü mahalli kuvvetlerin başında bulundu. 12 Mart 1912 de Derne Komutanlığına getirildi. Bu sıralarda 27 Kasim 1911 tarihinde binbaşılığa terfi etti.

1912 yılı Ekim ayında Balkan Harbi başlamıştı. Mustafa Kemal, 24 Ekim 1912'de Trablusgarp'tan hareket ederek İstanbul'a geldi. 21 Kasım 1912'de Gelibolu'da bulunan Bahr-i Sefîd (Akdeniz) Boğazı Kuvay-ı Mürettebesi Komutanlığı Harekât Şubesi Müdürlüğü'ne atandı. Bu atama üzerine Gelibolu'ya geldi. Olaylar süratle gelişmiş, baba memleketi Selânik düşmüş, Bulgar Ordusu ilerleyerek Çatalca'ya kadar gelmişti. Bu elim vaziyet kendisini çok üzdü. Bu cephede bir süre sonra Bolayır Kolordusu Kurmay Başkanlığı'na getirildi. Bu görevde iken Dimetoka ve Edirne'nin düşmandan geri alınışında büyük hizmetleri gördü.

Mustafa Kemal, Balkan Harbi'nden sonra, 27 Ekim 1913 tarihinde Sofya Ataşe militerliğine atandı. 11 Ocak 1914 tarihinden itibaren Belgrad ve Çetine Ataşe militerliklerini yürütme görevi de kendisine verildi. Sofya Ataşe militerliğine atandığı günlerde yakın arkadaşı Ali Fethi (Okyar) de Sofya Elçiliğine atanmıştı. Mustafa Kemal Sofya Ataşe militerliği esnasında 1 Mart 1914 tarihinde yarbaylığa terfi etti. 1915 yılı Ocak sonlarına kadar Sofya'da kaldı.

Bu sıralarda 1 Ağustos 1914'te Almanya'nın Rusya'ya harp ilanı ile I. Dünya Savaşı başlamıştı. Mustafa Kemal gelişen siyasi ve askeri olayları büyük bir dikkatle izlemekte; bir taraftan da görüş ve düşüncelerini Harbiye Nezaretine bildirmekte idi. Ona göre katılma zorunlu hale gelmedikçe Osmanlı Devleti bu büyük savaşın dışında kalmalıydı. Ancak olayların süratle gelişmesi 29 Ekim 1914'te Osmanlı Devletini de ister istemez İttifak Devletleri yanında harbe girmek mecburiyetinde bıraktı. Mustafa Kemal, bu gelişmeler üzerine Başkumandanlıktan kendisine faal bir hizmet istedi ise de uzun süre bu isteği yerine getirilmedi. Nihayet ısrarı üzerine, kendisini 20 Ocak 1915 tarihinde, Tekirdağ'da teşkil edilecek 19. Tümen Komutanlığına tayin ettiler. Mustafa Kemal, bu tayin üzerine Sofya'dan ayrılarak İstanbul a döndü; derhal yeni görev yerine hareket ederek Tümenini kurdu. Bu Tümen kısa süre sonra görülen lüzum üzerine 25 Şubat 1915'te Tekirdağ'dan Maydos (Eceabat)'a nakledildi. Mustafa Kemal burada, 19. Tümene ilâveten 9. Tümenin 2 Piyade Alayı ve bazı topçu birlikleri de emrine verilerek Maydos Mıntıkası Kumandanı olarak görev yaptı.

Gelibolu Yanmadasında önemli olaylar oluyordu. İngiliz donanması 18 Mart 1915 günü Çanakkale Boğazı'nı geçmeye teşebbüs etti ise de kıyı topçusunun başarılı savunması karşısında, muvaffak olamayarak ağır zayiat verdi. Donanması ile Boğazı geçemeyen düşman, bu defa Gelibolu Yarımadası'nı çıkarma ile zorlamaya karar verdi. Olaylar bu şekilde gelişirken, Genelkurmay Başkanlığı da 23 Mart 1915 tarihinde Gelibolu'da 5. Ordu kurulmasına karar vermiş, Komutanlığına da Alman Generali Liman Von Sanders'i atamıştı.

Liman Von Sanders, muhtemel düşman taarruzuna karşı kuvvetlerini üç gruba ayırarak planını yapmış; Mustafa Kemal'in başında bulunduğu kuvvetleri ordu ihtiyatına almıştı. Mustafa Kemal bu plan gereğince 18 Nisan 1915 günü Tümeniyle Bigalı'ya geçti.

Düşman birlikleri 25 Nisan 1915 günü Seddülbahir ve Arıburnu bölgesinden ilk çıkarma hareketine başladı. Ancak çıkarma hareketi ilk gün karşısında Mustafa Kemal'i buldu. Mustafa Kemal, çıkarmanın başladığını görür görmez, kuvvetlerini süratle Bigalı'dan Conkbayırı'na sevketmişti. Arıburnu'ndan Conkbayırı'na ilerleyen İngiliz kuvvetleri, o gün, Mustafa Kemal'in komuta ettiği 19. Tümen kuvvetlerinin taarruzu ile geri çekilmeye mecbur edildi.

Conkbayırı taarruzunda Türk askeri görülmemiş bir inanç ve cesaretle savaşıyor, tarihin en büyük kahramanlık sahneleri sergileniyordu. Dâhi komutan, kumandanlara verdiği emre şu cümleleri de ilâve etmişti :"Ben, size taarruz emretmiyorum; ölmeyi emrediyorum! Biz ölünceye kadar geçecek zaman zarfında yerimize başka kuvvetler ve kumandanlar geçebilir ! "

25 Nisan 1915 günü başlayan çıkarma, kuvvetlerimiz tarafından kıyıya kadar itilmesine rağmen düşman, 26 ve 27 Nisan 1915 günleri de çıkarma harekâtına devam etti. İlerlemek isteyen İngilizlerle yer yer şiddetli çarpışmalar oldu; ancak her taarruz Türk askerinin kahramanca savunması karşısında başarısız kaldı. Mustafa Kemal, Çanakkale Cephesindeki bu üstün başarıları üzerine 1 Haziran 1915'de Albaylığa terfi etti.

Düşman, Çanakkale'de başarı sağlayamamasına, ilerleme gösterememesine rağmen, yeni bir çıkarma yapmada kararlıydı. Düşünülen çıkarmanın gerçekleşebilmesi için, her şeyden önce ilk direnç hatlarını oluşturan Arıburnu ve Seddülbahir'deki Türk kuvvetlerinin yerlerinden sökülmesi gerekiyordu. İngilizler bu amaçla 6 ve 7 Ağustos l915 günleri, takviyeli kuvvetlerle yeni bir taarruz daha denediler; düşman kuvvetleriyle, kuvvetlerimiz arasında şiddetli muharebeler oldu. Ancak, Mustafa Kemal'in aldığı önlemler sayesinde düşmanın bu taarruzu da gelişme imkânı bulamadı.

Arıburnu ve Seddülbahir'deki taarruz devam ederken İngilizler 6 Ağustos 1919 akşamı Çanakkale'nin güney kıyılarına da asker çıkararak ilerlemeye başladı. Bu suretle Anafartalar Bölgesi de ansızın kritikleşti. Gelişen bu buhranlı durum üzerine Liman Von Sanders'in emri ile komuta değişikliği yapılarak, "Anafartalar Grubu Komutanlığı'na 8 Ağustos 1915 tarihinde Albay Mustafa Kemal getirildi. 9 Ağustos 1915 günü komutayı ele alan Mustafa Kemal, beklemeksizin aynı gün yaptığı taarruz ile ilerleyen İngiliz kuvvetlerini tekrar çıkarma yaptıkları kıyılara itti. Aynı günün akşamı Conkbayırı bölgesine geçerek buradaki kuvvetleri de 10 Ağustos 1915 sabahı taarruza geçirdi. Böylece düşmanın ilerlemesine imkân verilmemiş; aksine tutunduğu mevzilerden tamamen çıkarılarak Anafartalar bölgesine tam anlamıyla hâkim olunmuştu.

Mustata Kemal, 25 Nisan 1915 taarruzunda olduğu gibi 9 ve 10 Ağustos taarruzlarında da bizzat ateş hattında bulunmuş, ateş hattından emirler vermiş, bu davranışı yanındaki subay ve erler için ifadesi imkânsız cesaret kaynağı olmuştu. Conkbayırı'nda kalbini hedef alan bir kurşun, cebindeki saate çarpıp geri döndüğünden mutlak bir ölümden kurtuldu. Bu muharebeler esnasında gösterdiği kahramanlık, azim ve yüksek kumanda kudreti, kendisine memleket içinde ve dışında büyük ün sağladı. Artık o, "Anafartalar Kahramanı" olarak anılıyordu. Aylarca süren çıkarma ve savaşlar sonucu ilerleme kaydedemeyen İngilizler; nihayet 1915 yılı Aralık sonunda müttefikleriyle beraber Çanakkale'den çekildiler. Düşmanların Çanakkale Boğazı'nı geçememesi, İstanbul'un işgalini önlemiş; İngilizlerin, Marmara ve Karadeniz üzerinden müttefikleri Rusya ile bağlantı kurma hayallerini söndürmüştü. Bütün bu olaylar, bir anlamda, I. Dünya Savaşı'nın akışını da etkiliyor, dünya tarihinin yönünü değiştiriyordu. Bu savaşlarda İngilizler insan, araç ve gereç yönünden Türklerden şüphesiz ki çok fazla idi; ancak onların unuttukları nokta, Türk askerinin tarihsel kahramanlığı ve bu kahramanlığı yönlendiren Mustafa Kemal faktörü idi.

Mustafa Kemal, Çanakkale Muharebeleri'nin eski şiddetini kaybettiği 1915 yılının son aylarında, son bir taarruzla düşmanı tutunduğu kıyılardan da sökerek onu tam mağlûp duruma düşürmek görüşünde idi. Ancak bu teklifi, Ordu Komutanı Liman Von Sanders tarafından, düşmanın da kıyıdan yapacağı topçu ateşinin ağır zayiat verdirebileceği endişesiyle benimsenmedi. Artık bu cephede yapacak bir şey kalmamıştı. Mustafa Kemal, 10 Aralık 1915'te "Anafartalar Grubu Komutanlığı"nı, Fevzi (Çakmak) Paşa'ya bırakarak izinli olarak Çanakkale'den ayrıldı; İstanbul a döndü.

Mustafa Kemal, 27 Ocak 1916'da karargâhı Edirne'de bulunan Onaltıncı Kolordu Komutanlığı'na atandı. Kısa süre sonra bu Kolordu'nun aynı isimle Diyarbakır'da kurulması kararı üzerine yine Kolordu Komutanı olarak 11 Mart 1916'da Diyarbakır-Bitlis-Muş Cephesine tayin edildi. Mustafa Kemal, 26 Mart 1916'da Diyarbakır'a gelerek komutayı ele aldı. 1 Nisan 1916'da Generalliğe yükseltildi. Diyarbakır'a gelişini takiben kısa bir hazırlıktan sonra 3 Ağustos 1916 sabahı emrindeki kuvvetleri Bitlis ve Muş yönünde taarruza geçirdi; Ruslarla iki tümenimiz arasında taarruz ve karşı taarruz şeklinde şiddetli çarpışmalar oldu. Nihayet 8 Ağustos 1916 sabahı Muş, aynı günün akşamı Bitlis kuvvetlerimiz tarafından düşman işgalinden kurtarıldı. Muş ne yazık ki 25 Ağustos 1916'da tekrar Rusların eline düşmüştü. Mustafa Kemal Paşa, 2. Ordu Komutanlığı sırasında, 14 Mayıs 1917'de Muş'u ikinci defa Rus işgalinden kurtardı.

Mustafa Kemal Paşa, Aralık 1916'da Ahmet İzzet Paşa'nın izinli olarak bir süre İstanbul'a gitmesi üzerine vekâleten 2. Ordu Kumandanlığına tayin edildi. Karargâhı Diyarbakır'da olan bu ordunun Kurmay Başkanı Albay İsmet (İnönü) Bey'di. Büyük Kumandanın, İnönü ile yakından tanışması, emir-komuta zinciri içinde çalışması bu tarihlere rastladı.

Mustafa Kemal Paşa,14 Şubat 1917'de Hicaz Kuvve-i Seferiyesi Komutanlığı'na atanması üzerine Şam'a giderek Sina Cephesini teftiş etti ise de 5 Mart 1917 tarihinde Diyarbakır'da 2. Ordu'ya vekâleten komutan atandı. Tekrar Diyarbakır'a dönen Mustafa Kemal Paşa, 16 Mart 1917'de asaleten 2. Ordu Komutanlığına getirildi. Fakat bu görevde de çok kalmayarak 5 Temmuz 1917 tarihinde Yıldırım Orduları Grubu Komutanlığı'na bağlı olarak Halep'te kurulması kararlaştırılan 7. Ordu'nun başına getirildi. Bu cephenin umumî idaresi Falkenhein adlı bir Alman generaline verilmişti. Mustafa Kemal Paşa, 15 Ağustos 1917 günü Halep'e gelerek göreve başladı. Fakat bir süre sonra General Falkenhein ile aralarında askeri görüşler ve uygulanacak harekat bakımından anlaşmazlık çıktı; bu anlaşmazlık sonucu Mustafa Kemal Paşa, 1917 Ekim başlarında istifa mecburiyetinde kaldı. Kendisine tekrar Diyarbakır'daki eski görevi teklif edildi ise de kabul etmeyerek İstanbul'a geldi. 7 Kasım 1917'de Genel Karargâh'ta görevlendirildi. Ancak kısa süre sonra Veliaht Vahdettin Efendi'nin maiyetinde Alman Umumî Karargâhını ve Alman Cephelerini ziyaret etmek üzere Almanya seyahatine iştirak etti. 15 Aralık 1917 - 4 Ocak 1918 arasını kapsayan bu seyahat esnasında Mustafa Kemal, Alman askeri çevrelerinde incelemeler yaparak, Alman İmparatoru II. Wilhelm ve devrin tanınmış komutanlarıyla görüştü. Onlara -hoşlanmasalar da- I. Dünya Harbi'nin muhtemel sonuçları hakkındaki görüşlerini açıkça ve belirgin şekilde anlatıyordu.

Mustafa Kemal Paşa, 20 gün süren Almanya seyahatinden İstanbul'a döndükten bir süre sonra böbrek rahatsızlığı nedeniyle Viyana ve Karlsbad'a giderek tedavi gördü. 13 Mayıs 1918 - 4 Ağustos 1918 arasını kapsayan bu seyahat dönüşü General Falkenhein'in yerine Yıldırım Ordular Grubu Komutanlığı'na getirilmiş olan General Liman von Sanders'in emrindeki 7. Ordu'ya Ağustos 1918'de tekrar komutan oldu ve 15 Ağustos 1918 günü Halep'e geldi. Mustafa Kemal, bu cephede İngilizlere karşı başarılı müdafaa savaşları yaptı. Takviyeli İngiliz kuvvetleri karşısında, O'nun maharet ve dirayeti sayesinde, bu bölgedeki Türk Ordusu dağılmaktan kurtarılmış; büyük bir düzen içinde Halep'e kadar çekilme başarısını göstermişti. Fakat I. Dünya Savaşı Almanya ve müttefikleri aleyhine gelişiyordu. 29 Eylül 1918 tarihinde Bulgaristan savaştan çekilmiş, 4 Ekim 1918 tarihinde de Almanya mütareke istemişti. İstanbul'da Talat Paşa Kabinesi istifa etmiş, yeni Kabineyi Ahmet İzzet Paşa kurmuştu. Bu gelişmeler karşısında Mustafa Kemal Paşa yetkili makamlara, askerî ve siyasî önerilerine devam etti ise de yine kabul ettiremedi. Nihayet 30 Ekim 1918 tarihinde de Osmanlı Devleti, itilâf devletleri ile Mondros Mütarekesi'ni imzalayarak l. Dünya Savaşı'ndan çekildi.

Mustafa Kemal Paşa, Mondros Mütarekesi'nin imza edildiği günün ertesi, 31 Ekim 1918 tarihinde Yıldırım Ordular Grubu Komutanlığı'na getirildi ise de artık yapacak birşey kalmamıştı. 7 Kasım 1918 tarihinde bu Grup Kumandanlığı'nın da Padişah iradesiyle kaldırılması üzerine Adana'dan hareketle 13 Kasım 1918 günü İstanbul'a geldi. Artık Türkiye, mütareke şartlarını yaşıyordu ve kendisi de Harbiye Nezareti emrine verilmiş bir Ordu Kumandanı idi.

Memleket ve milletin içinde bulunduğu şartlar ağır idi. Büyük bir savaş sonunda, mağlup bir devlet olarak 30 Ekim 1918'de "Mondros Mütarekesi" adı verilen şartları ağır bir anlaşma imzalanmış, bu anlaşma şartlarına dayanılarak memleketin birçok bölgesi galip devletlerce işgal edilmiş, ordumuz dağıtılmış, bütün silâh ve cephane galip devletlerin emrine verilmişti. Osmanlı memleketleri tamamen parçalandığı gibi, Türk'ün ana yurdu, Anadolu da galip devletler arasında taksime uğruyordu. İtalyanlar Antalya'ya çıkmıştı. İskenderun, Adana, Mersin, Antep, Maraş, Urfa işgal altında idi. Kars'ta İngilizler idareyi ele almıştı. Trakya işgal altında idi. Düşman donanması İstanbul sularında demirlemişti. Çanakkale ve İstanbul Boğazları tutulmuştu. İstanbul ve İstanbul Hükûmeti İtilâf Devletlerinin baskı ve kontrolü altında idi. Padişah ve hükümet, düşmanlara âlet olmuş, âciz ve şaşkın bir vaziyette sadece kendileri için emniyet ve kurtuluş yolu aramakta idiler. Anadolu'nun her şehrinde ecnebi subaylar dolaşıyor, İtilâf Devletleri temsilcisi sıfatıyla direktifler veriyorlardı. Yunanlılar da İzmir'i işgal hazırlıklarıyla meşguldu; bu yolda büyük çaba harcıyorlar, İtilâf Devletlerini iknaya çalışıyorlardı. Nihayet 15 Mayıs 1919'da bu gayelerine eriştiler.

Olayların bu şekilde gelişeceğini Mustafa Kemal, önceden sezinlemişti. Nitekim Mondros Mütarekesi'nden 5 gün sonra, 5 Kasım 1918'den itibaren Harbiye Nezaretinden Mondros Mütarekesi gereğince ordulara terhis emirleri gelmeğe başladı. Atatürk, aynı gün Adana'dan Sadrazam Ahmet İzzet Paşa'ya ilk ikaz telgrafını çekti: "Ciddî olarak arzederim ki gereken tedbirleri almadıkça orduyu terhis etmeyiniz! Şayet orduları terhis edecek ve İngilizlerin her dediğine boyun eğecek olursak düşman ihtiraslarının önüne geçmeğe imkân kalmayacaktır". Bu, Atatürk'te, her şey bitti zannedilen bir zamanda da kurtuluş ümidinin sönmediğini, pek çoklarının düştüğü yeis ve ümitsizliğe asla kendisini kaptırmadığını gösterir.

Fakat, acıdır ki Mustafa Kemal Paşa tarafından yapılan bütün bu haklı itirazlar etkisiz kalır ve ordunun terhisine sür'atle devam edilir. Çünkü genel kanaat, İtilâf Devletleri ile herhangi bir mücadeleye giremeyeceğimiz, böyle bir mücadelenin aleyhimize sonuçlanacağı idi. O halde İtilâf Devletlerini gücendirmeyecek, Mondros Mütarekesi şartlarını yerine getirecektik. İstanbul Hükümetinin görüşü ve davranışı bu idi.

Padişah ve hükümetini saran bu umutsuzluğa rağmen, milletimiz, haksız işgal ve istilâlara karşı nefsini müdafaa yolunda her çabayı gösteriyor; memleketin çeşitli yörelerinde düşmanla mahalli kuvvetler arasında çarpışmalar oluyordu. Diğer taraftan mütecaviz dügmana karşı koymak ve kurtuluş çareleri aramak üzere Anadolu'da yer yer milli teşkilâtlar oluşturuluyordu. Ancak bütün bu kuruluşlar, ayrı ayrı çalışmaları sebebiyle istenilen ölçüde etkili olamıyorlar, bütün memleketi kapsayan bir hareket ve birlik gösteremiyorlardı.

Mütareke Türkiye'si, aklın alamayacağı derecede karışık bir Türkiye'dir. Bölgesel direnme hareketlerine öncülük eden Müdafaa-i Hukuk, Muhafaza-i Hukuk, Redd-i İlhak gibi cemiyetlerin yanı sıra özellikle İstanbul'da güya kurtuluş çareleri arayan yüzlerce cemiyet kurulmuştu. İngiliz Muhipleri Cemiyeti, Wilson Prensipleri Cemiyeti, Türk-Fransız Muhipleri Cemiyeti, Cemiyet-i Akvam, Müzaheret Cemiyeti bunların başlıcalarıdır. Kurtuluş çareleri değişikti. Bir kısmı İngilizlerin, bir kısmı Fransızların himayesini istiyordu, bir kısmı Amerikan mandasını öneriyordu. Bir kısım kimseler de Mondros Mütarekesi gereğince padişah ve halife için hükümranlık hakkı tanınan küçük bir bölgede Osmanlı Devleti'ni sembolik olarak devam ettirme düşüncesinde idiler. Memleketin içinde bulunduğu karışıklıktan istifade çareleri arayan bazı cemiyetler de vatan toprakları üzerinde millî birliği parçalayıcı faaliyetlere girişmişlerdi.

Bu durum karşısında ciddi ve gerçek karar ne olabilirdi. Tarih kültürü çok geniş olan ve tarihten sonuç çıkarmasını çok iyi bilen Atatürk, gerçek kararı sezmekte gecikmedi. Bu vaziyet karşısında bir tek karar vardı. O da milli egemenliğe dayanan, kayıtsız şartsız bağımsız yeni bir Türk Devleti kurmak idi. Atatürk'e göre önemli olan "Türk milleti'nin haysiyetli ve şerefli bir millet olarak yaşamasıydı. Ne kadar zengin ve refah içinde olursa olsun, istiklâlden mahrum bir millet, medeni insanlık karşısında uşak olmak mevkiinden yüksek bir muameleye lâyık görülemezdi. Yabancı bir milletin himaye ve efendiliğini kabul etmek, insanlık vasıflarından yoksunluğu, acizlik ve miskinliği itiraftan başka birşey değildi. Halbuki Türk'ün haysiyet ve gururu çok yüksek ve büyüktü. Böyle bir millet esir yaşamaktansa mahvolsun daha iyiydi". Öyleyse Milli Mücadele'nin parolası "Ya istiklâl ya ölüm!" olacaktı. Artık Anadolu'ya geçerek Millî Mücadele bayrağını açmak gerekiyordu. İşte bu sıralarda, Mustafa Kemal Paşa'yı İstanbul'dan uzaklaştırmak amacıyla, kendisine Dokuzuncu Ordu Müfettişliği teklif edildi. Mustafa Kemal Paşa, kendisine geniş salâhiyetler tanıyan bu vazifeyi kabul etti.

16 Mayıs 1919 günü Bandırma vapuru ile İstanbul'dan hareket eden Mustafa Kemal Paşa, 19 Mayıs 1919 sabahı Samsun'da Anadolu topraklarına ayak bastı. Kendisinin Anadolu'ya gönderiliş gerekçesi, "Samsun ve çevresindeki asayişsizliği yerinde görüp incelemek ve tedbir almak"tan ibaretti. Hükûmete verilen İnqiliz raporlarında, bu bölgede Türklerin, Rumlara karşı gerilla hareketine giriştikleri ve bölgenin asayişini bozdukları bildirilmekte ise de durum tam tersine idi. Bu bölgede, Pontus Rum Devleti kurma amacına yönelik geniş bir Rum faaliyeti vardı. Baskı gören Rumlar değil, Türklerdi. Rum Patrikhanesinden idare edilen Mavri Mira Cemiyeti bu bölgede kurduğu çeteler vasıtasıyla Türk köylerini basıyor, katliamlar yapıyor, yerli halkı yıldırmak istiyordu. Bu girişimlere karşı vatansever Türkler de mukabil çeteler oluşturmuşlar; bölge Rumları ile mücadeleye başlamışlardı. Bütün bu gerçeklere rağmen Mustafa Kemal Paşa'ya verilen talimat gereğince bölge Türklerinin direnmeleri önlenecekti. Mustafa Kemal Paşa, görevi kabul için Ordu Müfettişliği sıfatı ve geniş salâhiyetler istedi. İstanbul Hükûmeti bu istekleri de kabul etti.

Saray ve İstanbul Hükümeti, Mustafa Kemal Paşa'nın bu görevi yapacağını zannetmişti. Oysaki Mustafa Kemal'in düşünceleri tamamen başka idi. Ama bu görev, kuşkuları çekmeksizin Anadolu ya geçmek için değerlendirilmesi gereken bir fırsattı. Kendisine verilen yetkileri de, geri alınıncaya kadar milletin menfaatleri adına kullanmak vicdanî bir davranış idi. Esasen olayların akışı da kısa zamanda bunu ispatlayacaktı. Mustafa Kemal Paşa İstanbul'dan ayrılmadan önce başta sadrazam olmak üzere kabine azalarının hemen hepsi ile ve en sonunda Padişahla görüşmüştü. Fakat bu kişilerin hiçbirinde memleketi içinde bulunduğu badireden kurtaracak bir enerji, bir ümit ışığı görmemiş, görememişti. İstanbul Hükümetinin ve Padişahın davranışlarında İtilâf Devletlerini gücendirmemek görüşünün ağır ezikliğini hissetti. Oysaki onların kararlarına uymak değil, karşı koymak lâzımdı. İşte Anadolu'ya bu gaye ile gidiyordu. Mustafa Kemal Paşa'nın İstanbul'dan ayrılırken yakın arkadaşlarına söylediği şu sözler bu bakımdan büyük önem taşımaktadır: "Düşman süngüsü altında milli birlik olamaz. Ancak hür vatan topraklarında memleketin istiklâli ve milletin hürriyeti için çalışılabilir. Bu gayeyi tahakkuk ettirmek üzere Anadolu'ya gidiyorum".

Mustafa Kemal Paşa, Anadolu'ya geçer geçmez planını uygulamaya başladı. 21 Mayıs 1919'da Kâzım Karabekir'e çekti. Telgrafta bu davranışını şöyle belirtiyordu: "Umumî durumumuzun aldığı vahim şekilden pek müteessirim. Millet ve memlekete borçlu olduğum en son vicdani vazifeyi yakından müşterek çalışma ile en iyi şekilde yerine getirmek mümkün olacağı kanaati ile bu son memuriyeti kabul ettim".

Mustafa Kemal Paşa, Samsun'a çıktıktan 2 gün sonra, 21 Mayıs 1919'da Genelkurmay Başkanlığı'na Samsun ve çevresindeki asayişsizliğin sebeplerini açıklayan ne İstanbul Hükûmetinin ne de İtilâf Devletleri temsilcilerinin hoşlanmadığı şu telgrafı çekti: "Rumlar bu bölgede, Pontus Hükümeti teşkili gibi bir safsata etrafında toplanmış ve Rum çeteleri hemen kâmilen siyasi bir şekle dönüşmüştür". 22 Mayıs 1919'da Samsun'dan Sadaret'e gönderdiği raporu da şu cümle ile noktaladı: "Millet birlik olup hâkimiyet esasını, Türklük duygusunu hedef almıştır". Bu anlamlı ifadede Anadolu'da beliren Milli Mücadele azmini sezmemek mümkün değildir.

İşte bu raporlar İstanbul'a geldikten sonradır ki İtilâf Devletleri temsilcileri İstanbul Hükümetinden sordu :

- " Tanınmış bir Türk generalinin Anadolu'da ne işi vardır ? " Bunun üzerine İstanbul Hükûmeti, Anadolu'ya gönderdiği müfettişi geri çağırma girişimlerine başladı.

Artık Anadolu'da başlayan Millî Mücadele, liderini bulmuş, dağınık ve bölgesel mukavemetler bir bayrak altında toplanmaya başlamıştı. Bunun ilk örneğini 22 Haziran 1919'da Mustafa Kemal imzasıyla Amasya'dan bütün memlekete duyurulan bir tamimde görüyoruz. Bu genelgede kutsal bir ses işitiliyordu: "Vatanın bütünlüğü, milletin istiklâli tehlikededir. Milletin istiklâlini yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır". Bu cümleler Milli Mücadele'nin örgütlü olarak fiilen başladığının onun imzası ile bütün cihana ilânı idi. Bu genelge diğer bir maddesiyle beliren millî tehlike karşısında izlenecek ilk yolu da belirtiyordu: "Her vilâyetten seçilecek milletin güvenini kazanmış delegelerle, Anadolu'nun en emin yeri olan Sivas'ta derhal bir millî kongre toplanacaktır".

Mustafa Kemal Paşa, Amasya Tamimi adıyla ünlü bu genelgesini yaptıktan sonra Erzurum'a geçmek üzere 27 Haziran 1919'da halkın sevinç gösterileri arasında Sivas'a geldi. Şehirde kaldığı 1 günlük süre içinde, Erzurum Kongresi'ni takiben Sivas'ta yapılacak Kongre için ilgililere gerekli direktifleri vererek Erzurum'a hareket etti. Atatürk, 3 Temmuz 1919 günü Erzurum'a geldi. Kendisi der ki "Benim Erzurum'a gelişim, bütün milletin ateşten bir çember içine alınmış olduğu bir zamana tesadüf etti. Bütün millet bu çemberin içinden nasıl çıkılacağını düşünmekte idi". O, Ilıca önlerinde Erzurumlular tarafından coşkun bir şekilde karşılandığı zaman Çukurova da muhacir olarak bulunup Erzurum'a dönen ihtiyar Mevlüt Ağa ile aralarında geçen konuşma, bu ateşten çember içinden mutlaka çıkılması gerektiği fikrini Atatürk'te daha da perçinledi. İhtiyar, fakat dinç Mevlüt Ağa'ya Mustafa Kemal Paşa sordu:

- " Çukurova gibi verimli bir memleketten niye döndün? Yoksa geçinemedin mi? "

Mevlût Ağa derhal cevap verdi :

- " Hayır Paşam, geçimimiz çok rahattı. Son günlerde işittim ki İstanbul'daki ırzıkırıklar, bizim Erzurum'u Ermenilere vereceklermiş. Geldim ki göreyim, bu namertler kimin malını kime veriyorlar ? " Bu sözler, milletle beraber, millet için çalışmak üzere Erzurum' a gelen Mustafa Kemal Paşa'yı çok duygulandırmış, gözlerini yaşarmıştı. Etrafındakilere döndü ve :

- " Bu milletle neler yapılmaz " demiştir.

Atatürk, Erzurum'a gelişinden 5 gün sonra, 8-9 Temmuz 1919'da "Sine-i millette bir ferd-i mücahit" olarak çalışmak üzere çok sevdiği askerlik mesleğinden ve görevinden istifa etti. Artık bir millet ferdi olarak, milletten kuvvet, kudret ve ilham alarak tarihi vazifesine devam ediyordu.